種々の解析ツールのインストール手順を雑多に
インストールするOSによって微妙に異なるかもしれないが悪しからず
☆Ureka
iraf,pyraf,SExtractor,xgtermなど解析に必要なツールが一通りそろってるので便利
入れたマシン = Ubuntu12.04LTS@OSUオフィス
※macではまだためしてない
◎環境設定の準備
irafその他は32bit仕様になっており、64bitマシンでそれらを動かすには一手間必要（参考 => http://ssb.stsci.edu/ureka/1.0/docs/32bit_iraf.html）
% sudo apt-get install -y lib32z1 lib32ncurses5 lib32bz2-1.0
※ubuntu13.10以降のコマンドなのだが、これしか動かなかったので。。。
◎インストール
STScI Urekaサイトの記述にしたがうだけで非常に簡単
※2015/4/9段階では1.5.1が最新だが、なぜか動かなかったので1.4.1.2
1.インストールディレクトリにいく（自分は ~/pipeline）
% cd ~/pipeline
2.インストーラのダウンロード
% wget http://ssb.stsci.edu/ureka/1.4.1.2/install_ureka_1.4.1.2
3.インストーラの実行
% sh install_ureka_1.4.1.2
ログインスクリプト（.zshrc）にurekaに関する記述を追加していいか聞いてくるので、初めてインストールするときはyes
4.ログインスクリプトに追加記述
デフォルトだとターミナル開く度に
% ur_setup
というコマンドを打たねばならず面倒なので.zshrcに毎回勝手にsetupするように追記
## ureka ##
# 勝手に書き込まれる分
ur_setup() {
eval `/home/kmawatari/.ureka/ur_setup -sh $*`
}
ur_forget() {
eval `/home/kmawatari/.ureka/ur_forget -sh $*`
}
# 自分で追記した分
ur_setup
5.上手くインストールできたかテスト
% ur_test
とやるといろいろなテストの結果を吐き出してくれる
☆iraf
Linux => 別ページ１
Mac => 別ページ２
☆SExtractor
入れたマシン = MacPro(mountain lion OS X 10.8.2)@CfA/OIRオフィス
※Linuxや他のMacでもSExtractorは同じ
◎ダウンロード
Astromatic.netから
これまで自分はsextractor-2.5.0.tar.gzをおとしてきた。最新版(2.8.6)はなぜか上手くインストールできない。
◎インストール
・解凍
(適当なディレクトリで。自分はホームディレクトリ)
% mv ~/Download/sextractor-2.5.0.tar.gz ./
% tar xvfz sextractor-2.5.0.tar.gz
・インストール
% cd sextractor-2.5.0/
% sudo ./configure
% sudo make
% sudo make install
※基本的には中に入ってるorサイトにある説明書(sextractor-2.5.0/doc/sextractor.pdf / 2.3節)に従うだけ
☆GALAXEV
(1)mac os + g77
入れたマシン = MacPro(mountain lion OS X 10.8.2)@CfA/OIRオフィス
必要なプログラム言語 = Fortran (g77が望ましい)
◎ダウンロード
GALAXEVの中段らへんのbc03.*.tar.gzから、自分のメアドなど必要情報を入れて、とってくる
いろいろファイルがあるが、"documentation file", "software package", "Padova 1994 stellar model", "galaxy template"くらいで十分なんじゃないかと思う。
◎インストール
・準備
自分はホームディレクトリ下にpipeline/GALAXEVというディレクトリ作った。
% cd
% mkdir pipline/
% cd pipline
% mkdir GALAXEV
% cd GALAXEV
・展開
% tar xvfz ~/Downloads/bc03.doc.tar
とやるだけで勝手にbc03というディレクトリができ、その下にdoc/bc03.ps.gzが格納される。解凍しとく。
% cd bc03/doc/
% gunzip bc03.ps.gz
あとは同様に~/pipeline/GALAXEV/で展開していく
% cd ~/pipeline/GALAXEV/
% tar xvfz ~/Downloads/bc03.src.tar
% tar xvfz ~/Downloads/bc03.models.padova_1994_chabrier_imf.tar
% tar xvfz ~/Downloads/bc03.models.padova_1994_salpeter_imf.tar
% tar xvfz ~/Downloads/bc03.templates.tar
基本的なディレクトリ構造は
bc03/doc/・・・README的なbc03.psが入ってる
bc03/src/・・・ソースプログラムが入ってる
bc03/model/・・・星の進化トラックが入ってる。IMFはChabrierとSalpeterの２種類
bc03/templates/・・・このコードを使って作られた銀河スペクトルの例が入ってる
・gz圧縮されているものを解凍
% cd bc03/models/Padova1994/chabrier/
% gunzip *.gz
% cd ../salpeter/
% gunzip *.gz
% cd ../../../templates/
% gunzip *.gz
・zshrcにGALAXEVディレクトリを覚えさる = パスを通す
% emacs ~/.zshrc
以下を追記(ここは自分の使っているshによって記述法が違う)
# GALAXEV
setenv () { export $1="$@[2,-1]" }
unsetenv () { unset $1 }
setenv bc03 /Users/kmawatari/pipeline/GALAXEV/bc03/src
・環境設定(?)
ターミナルを新しく開き直してから、
% cd $bc03/
(ここでコケる場合、パスがうまく通ってない)
もしg77以外のFortranを使っている場合 => Makefile内のg77に関する記述を書き換える
そのうえで
% source ./.bc_cshrc
% make all
これで以下のコマンド達が使えるようになる
% $bc03/ascii_ised ?????.ised
・・・BC形式のスペクトラファイル(バイナリ、あらゆる年齢のものが格納)をASCII形式に変換
% $bc03/bin_ised ?????.ised_ASCII
・・・ASCIIからBC形式への変換
% $bc03/galaxevpl
・・・BC形式(バイナリ)のスペクトラファイルから任意の年齢の銀河スペクトルを引き出す
% $bc03/csp_galaxev
・・・SSPモデルから任意の星形成史・年齢の銀河のスペクトルを作成
※なぜか自身のマシン内では上記の環境設定を行ったターミナル内でしか動かない。ターミナルを変える毎に環境設定のやり直し。。。
↓
ログインスクリプトに「毎回エイリアスをはるように」という記述を追記（make allはたぶんいらないはず）
# in order to use csp_galaxev
source $bc03/.bc_cshrc
その他にもまだあるみたいだが、詳しくはマニュアルへ
(2)Ubuntu + gfortran
入れたマシン = Ubuntu12.04(64bit)@OSUオフィス
必要なプログラム言語 = gfortran
◎ダウンロード
同上
◎インストール
・準備
同上
・展開
同上
・gz圧縮されているものを解凍
同上
・zshrcにGALAXEVディレクトリを覚えさる = パスを通す
同上
・環境設定(?)
ターミナルを新しく開き直してから、
% cd $bc03/
(ここでコケる場合、パスがうまく通ってない)
gfortranなのでMakefile内のg77に関する記述を以下のように書き換える
FC = gfortran -ffixed-line-length-none
そののち
% source ./.bc_cshrc
% make all
これでコマンド達が使えるようになるが、やはりsourceとmake allを行ったターミナル内でしかcsp_galaxevが動かないので、.zshrcに「source $bc03/.bc_cshrc」を追記
☆Hyperz
(1)mac+g77
入れたマシン = MacPro(mountain lion OS X 10.8.2)@CfA/OIRオフィス
必要なプログラム言語 = Fortran (g77が望ましい)
◎ダウンロード
HyperzのDownloadサイトから、zphot_src_1.1.tar.gz, zphot_little_endian.tar.gz, zphot_little_endian_evol_MiSc.tar.gz、をダウンロードしてくる
◎インストール
・インストール先
/usr/local/lib/ にする
% cd /usr/local/lib/
・解凍
% sudo tar xzvf zphot_src_1.1.tar.gz
% sudo tar xzvf zphot_little_endian.tar.gz
% sudo tar xzvf zphot_little_endian_evol_MiSc.tar.gz
% sudo cd ZPHOT/src/
・Makefile編集
デフォルトから変更した部分は以下の通り
DEST = /usr/local/bin
FC = g77
# Linux
FFLAGS = -O5 -m32
※"FC=g77"の部分は自分のFortranの種類を入れる。"FFLAGS= -O5 -m32"の部分は64bit系のマシン(いまどきは全部そう)に入れる場合は必須。
※※2015/4/10にosx10.10.2(64bit)に同様のことを行ったらこけた。最終的にfortranをgfortranにして"FFLAGS= -O5"にしたら上手くいった。理由は不明。
・コンパイル
% sudo make hyperz
% sudo make catalog
% sudo make clean
スムーズにいけばこれで終わり!"hyperz"とターミナル上でうって作動するか確認。
・コンパイルでctrl.oのリンク付が上手くいかなかったら・・・
自分は上手くいってしまったのでよく分からないが、http://member.ipmu.jp/atsushi.nishizawa/memos/others.htmlに処方がのってる。
◎オリジナルセッティング
；使用しているうちにいろいろとソースファイルを書き換えたので備忘録として書き留めておく。それぞれのコードの中で"c Ken's original ~~"などと書かれている部分が改良部分。
・$bc03/dimension.dec
mxz => redshiftのstep数の上限 (デフォルト=141)
mxage => 年齢のstep数の上限 (51)
mxtype => テンプレート数の上限 (15)
mxfil => フィルター数の上限 (20)
mxred => ダスト赤化のstep数の上限 (11)
mxwl => テンプレートの波長サンプリング点数の上限 (1300)
↓
オリジナル仕様ファイル
・$bc03/hyper_fit.f
メインコード
Avが0以上にしかふれないが、-1までふれる（dereddening）ように変更
テンプレート年齢<宇宙年齢になってるかの判定を微妙に改良（iagemaxの扱い）
↓
オリジナル仕様ファイル
・$bc03/red_spec.f
ダスト赤化コード
Calzetti lawでデフォルトだと長波長側で減光曲線が不連続になる問題をfix（0に漸近するように）
Avが0以上にしかふれないが、-1までふれる（dereddening）ように変更
↓
オリジナル仕様ファイル
・$bc03/t_new.f
宇宙年齢計算コード
計算step数を増やした（たぶん意味ない）
↓
オリジナル仕様ファイル
(2)Ubuntu+gfortran
入れたマシン = Ubuntu12.04(64bit)@OSUオフィス
必要なプログラム言語 = gfortran
◎ダウンロード
同上
◎インストール
・インストール先
同上
・解凍
同上
・Makefile編集
デフォルトから変更した部分は以下の通り
DEST = /usr/local/bin
FC = gfortran
# Linux
FFLAGS = -O5
※64bitマシンで動かしているはずなので"FFLAGS= -O5 -m32"のはずだが、先にUrekaを入れた際に64bitマシンから32bitソフトを動かす設定にしたためいらなくなったのかも
・コンパイル
同上
☆Cloudy
入れたマシン = MacBookAir(lion OS X 10.7.4)
※Cloudyサイトから、step by stepの指示に従う
◎ダウンロード
工事中・・・
◎インストール
工事中・・・
☆SDFRED
すばる/主焦点カメラ用一次処理パイプライン
※SDFRED2サイトの指示に従う
◎ダウンロード
工事中・・・
◎インストール
工事中・・・
☆MCSRED
すばる/MOIRCS用一次処理パイプライン
※MOIRCS解析ページの指示に従う
◎ダウンロード
工事中・・・
◎インストール
工事中・・・
☆SWarp
Multi Extension fitsをSingle fitsに変換してくれるソフトウェア：Swarpを
インストール
(※ホントはもっと色々出来るのだと思うが・・・)
・ダウンロード
SWarpサイトから最新版(v2.19.1)のソー
スファイル：swarp-2.19.1.tar.gzをダウンロード
・ホームディレクトリで展開
% cd
% mv ~/Downloads/swarp-2.19.1.tar.gz ./
% tar xvfz swarp-2.19.1.tar.gz
・インストール
% cd swarp-2.19.1/
インストールマニュアル(INSTALL)に従って以下、インストー
ルしていく
% sudo ./configure
% sudo make
% sudo make install
☆WCSTools
WCS貼り付けを行ってくれるソフト
入れたマシン = MacBookPro(Yosemite OS X 10.10.2, 64bit)
・ダウンロード＋インストール
SAOサイトから最新版(3.9.1)：wcstools-3.9.1.tar.gzをダウンロード
・好きなディレクトリ（自分は ~/pipeline/ ）で展開
% cd ~/pipeline/
% mv ~/Downloads/wcstools-3.9.1.tar.gz .
% tar xvfz wcstools-3.9.1.tar.gz
% cd wcstools-3.9.1/
% make all
・環境設定
上記までで必要なコードがコンパイルされたが、まだ下記のように環境設定が必要
% sudo cp wcstools /usr/local/bin/
% sudo cp ./bin/* /usr/local/bin/
（これの代わりに~/.zshrcの中で./bin/にパスを通してもいい；自分は実はそうした）
% sudo cp libwcs/*.h /usr/local/include/
（移動先ディレクトリがなければ作る）
% sudo cp libwcs/libwcs.a /usr/local/lib/
（更にウェブ上にある使用できるカタログを.zshrc内で設定）
~/.zshrc に
export UB1_PATH=http://tdc-www.harvard.edu/cgi-bin/scat
を追記。これでUSNOB1.0カタログをウェブから引けるようになった
・動作確認
% wcstools
で色々説明が出て来ればok
% imwcs
などとうつとたくさんオプションに関する説明が出てくるが、一番簡単な使用法は、
% imwcs -v -w -h 200 -c ub1 -q irst WCS貼りたい画像
などとするとウェブ上からUSNOB1.0カタログひっぱってきて、画像fitsのラフなwcs情報から天体マッチングを行い、星を最大200個まで使って勝手にWCS校正を行ってくれる
・WCSToolsの参考資料（自身があまりまだわかってないので）
まっすーブログ
すばる秋の学校資料